הניקוי של צלחת הפטרי עובר בדרך כלל ארבעה שלבים של השרייה, הברשה, השריית חומצה ושטיפה.
1. השרייה: כלי זכוכית חדשים או משומשים יש להשרות במים תחילה כדי לרכך ולהמיס את התוספות. לפני השימוש בכלי זכוכית חדשים, פשוט צחצחו אותם במי ברז, ולאחר מכן השרו אותם ב-5% חומצה הידרוכלורית למשך הלילה; לכלי זכוכית משומשים יש לעתים קרובות כמות גדולה של חלבון ושמן, שלא קל לשטוף אותם לאחר הייבוש, ולכן יש לטבול אותם במים נקיים מיד לאחר השימוש לצורך צחצוח. .
2. הברשה: שמים את כלי הזכוכית הספוגים במי חומר הניקוי, ומברישים שוב ושוב עם מברשת רכה. אין להשאיר פינות מתות ולמנוע נזק לגימור השטח של הכלים. לשטוף ולייבש את כלי הזכוכית המנוקים לכבישה.
3. כבישה: כבישה היא השריית הכלים הנ"ל בתמיסת ניקוי, המכונה גם תמיסת חומצה, כדי להסיר שאריות של חומרים אפשריים על פני הכלים באמצעות חמצון חזק של תמיסת החומצה. הכבישה לא צריכה להיות פחות משש שעות, בדרך כלל לילה או יותר. היזהר בעת טיפול בכלים.
4. שטיפה: יש לשטוף את הכלים לאחר ההברשה והכבישה במלואה במים. האם הכלים נשטפים נקיים לאחר הכבישה משפיעה ישירות על ההצלחה או הכישלון של תרבית תאים. בעת שטיפת הכלים הכבושים ביד, יש "למלא כל כלי ריק במים" שוב ושוב לפחות 15 פעמים, לטבול במים מזוקקים מחדש למשך 2-3 פעמים, לייבש או לייבש ולאחר מכן לארוז לשימוש מאוחר יותר.
